Provoz jednotky DAF musí přísně dodržovat předpisy, aby byla zajištěna účinnost čištění. Před spuštěním zkontrolujte neporušenost vzhledu zařízení (bez poškození), těsnost připojených součástí a ověřte, že tlak saturační nádrže (typicky 0,3-0,5 MPa) a hladina vody jsou ve standardním rozsahu a zároveň zkontrolujte stav skladovacího a dávkovacího systému chemikálií. Spouštěcí sekvence by měla upřednostňovat nejprve aktivaci saturačního systému; po ustálení tlaku zapněte čerpadlo odpadní vody. Dávkování chemikálií by mělo být dynamicky upravováno na základě kvality vody (např. doporučené dávkování PAC je 20-50 mg/l); předávkování může způsobit expanzi kalu, zatímco nedostatečné dávkování sníží účinnost odstraňování SS (cíl nad 90 %).
Během provozu sledujte teplotu motoru (méně než nebo rovna 65 stupňům), rovnoměrnost bublin (průměr 30-100 μm) a tloušťku vrstvy kalu (doporučeno menší nebo rovno 20 cm). V případě abnormalit upravte saturační tlak (0,4-0,6 MPa) nebo poměr zpětného toku (20%-30%). Doporučuje se vypouštět nečistoty každé 2-4 hodiny, aby nedošlo k ucpání škrabek.
Při odstavení nejprve vypněte čerpadlo odpadní vody, poté uvolněte saturační tlak a důkladně vyčistěte kal (obsah vody menší nebo roven 98 %) a usazeniny v potrubí.
